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網上閱卷系統中大量的信息都是通過網絡進行傳輸，因此在整個系統中能否保證數據的機密性、完整性以及對工作人員的身份驗證，保證只有得到授權的人員才能訪問數據庫，有效阻止外來人員的攻擊，是網上閱卷方案能否實施的關鍵。本方案在安全性方面作了以下工作：
各數據中心與Internet之間用防火墻隔離，有效的阻止了非法訪問，提高了安全性。
增加了數據傳輸的加密機制，以保證數據的完整性和保密性，無論數據在網絡上的傳輸還是數據在本地的存放都是采用了混合密碼機制，即對稱密鑰采用一次一密，同時用RSA公鑰對對稱密鑰進行加密。這是符合PKCS國際標準的，同時在理論上和實踐中都被證明了的一種行之有效的方式。而且，通信密鑰使用 128比特的對稱密鑰，主密鑰使用1024比特的RSA密鑰。這種加密強度完全滿足了本應用系統的需要。
一是價格，網上閱卷系統價格較高，光電閱卷機價格相對較低。
二是功能：網上閱卷系統功能齊全，強大。可對試卷、文檔、圖片、照片進行掃描識別。光電閱卷機功能相對較少，主要用于對涂點信息的識別。
三是掃描速，網上閱卷采用的是高速掃描儀，掃描速較慢，光電閱卷機掃描速快，每秒鐘掃描3-5張答題卡。四是與高考中考閱卷方式是否相同：高考就是一根指揮棒，是教學的一個指引方向，因此大家都要跟著高考或中考走，目前全國高考都已采用網上閱卷的方式，因此高中學校都傾向于采用網上閱卷，大部分中考還在用光電閱卷機的方式，所以現在學校網上閱卷和光電閱卷機都在使用，這兩種閱卷方式總是并存，各有特點。
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